Secţia este condusă de un procuror militar şef secţie, ajutat de un procuror militar şef secţie adjunct.
 
Procurorul militar şef secţie are următoarele atribuţii

1. organizează, conduce, controlează,îndrumă şi răspunde de activitatea personalului din cadrul secţiei, luând sau, după caz, propunând conducerii Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie măsurile necesare pentru desfăşurarea corespunzătoare a acesteia;
2. stabileşte atribuţiile manageriale delegate procurorului militar şef secţie adjunct;
3. dispune măsurile necesare pentru păstrarea în condiţii de confidenţialitate a Registrului de evidenţă privind metodele speciale de supraveghere şi cercetare (R-6), a Registrului special privind măsurile de protecţie a persoanelor vătămate, părţilor civile, martorilor, investigatorilor sub acoperire, informatorilor şi a colaboratorilor (R-7), a suporturilor care conţin rezultatul activităţilor de supraveghere tehnică, precum şi a altor documente care impun păstrarea în astfel de condiţii, fără să constituie documente clasificate;
4. repartizează procurorilor spre soluţionare dosarele penale şi celelalte lucrări înregistrate în secţie potrivit dispoziţiilor art. 18 alin. (3) lit. b), care se aplică în mod corespunzător, îndrumă procurorii militari din cadrul parchetelor militare în activitatea de urmărire penală şi de supraveghere a actelor de cercetare penală efectuate de organele de cercetare penală speciale;
5. propune procurorului general al Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie înfiinţarea/desfiinţarea de servicii, birouri sau alte compartimente de specialitate în cadrul parchetelor militare, precum şi măsuri de îmbunătăţire a activităţii parchetelor militare; 
6. propune delegarea procurorilor militari;
7. stabileşte, cu avizul conform al Serviciului de tehnologia informaţiei din cadrul Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie, numărul informaticienilor de la parchetele militare;
8. este ordonator terţiar de credite pentru parchetele militare, în finanţarea ordonatorului principal, care este ministrul apărării naţionale;
9. asigură implementarea strategiilor naţionale şi sectoriale în domeniul justiţiei la parchetele militare;
10. elaborează semestrial programul de activitate al secţiei, asigură şi urmăreşte realizarea integrală a obiectivelor şi acţiunilor în termenele prevăzute;
11. exercită orice alte atribuţii prevăzute de lege şi regulamente sau dispuse de procurorul general al Parchetul de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie.

În exercitarea atribuţiilor care îi revin, procurorul militar şef secţie emite ordine sau dispoziţii cu caracter intern.